Découverte en 1822 dans les forêts d'Asie du Sud-Est, Rafflesia n'avait jusqu'à présent pu être placée dans l'arbre phylogénique des plantes.

Et pour cause, ce végétal parasite, connu pour ses énormes fleurs rouge-brun de près d'un mètre de diamètre, ne présente aucun des appendices sur lesquels s'appuient d'habitude les botanistes pour établir leur classification. Incapable d'assurer une photosynthèse, Rafflesia n'a pas de racine, pas de tige, pas de feuille et vit la plupart du temps invisible, accrochée à d'autres plantes auxquelles elle vole de l'énergie. Même des analyses standards d'ADN s'étaient montrées inefficaces, le parasite ayant, au fil de son évolution, abandonné nombre de gènes classiquement utilisés dans les recherches phylogénétiques. Mais des chercheurs américains, de la Western Michigan University, et malaisiens ont réussi à éclaircir le mystère en prenant de l'ADN mitochondrial comme matériau d'étude.

Ils ont ainsi découvert que Rafflesia est un proche cousin des poinsettias, des passiflores et des violettes, de l'ordre des Malpighiales. En revanche, elle n'a que peu de rapport avec une autre plante parasite appelée Mitrastema et qui se rattache elle à l'ordre des Ericales, celui des rhododendrons et des camélias.